En un futuro cercano, comienza un nuevo Éxodo; los restos de la civilización humana deben abandonar la Tierra en decadencia y emprender viaje hacia la Psicosfera. Quienes se autodenominan Espíritus —los nuevos pastores de la raza humana— creen que en la Psicosfera se encontrará un nuevo planeta apto para la vida. Colosales ciudades-arca, con cientos de colonos a bordo, han viajado durante siglos a través de mundos hostiles de la Psicosfera bajo la guía de los Espíritus. Su destino era la Nueva Tierra que reemplazaría su antiguo hogar. Todos los mundos del pasado estaban conectados por portales; así se creó la Cadena de Mundos.
Pero el fin de las difíciles pruebas no se vislumbra, y finalmente, debido al despotismo de los Espíritus y a las intrigas clandestinas, el Éxodo se deshizo. Surgieron nuevas facciones: el Imperio y los Harkbacks. Cada facción tenía sus propios objetivos y filosofía. Los Harkbacks creían que la antigua Tierra no había muerto, y el Imperio —la facción más misteriosa— creía que los humanos debían permanecer en la Cadena de Mundos. El antagonismo derivó en una guerra que ha durado décadas en numerosos mundos.
Mientras los Espíritus se dirigen a su destino y los Harkbacks buscan la mítica Tierra, el Emperador construye su Imperio Esponja usando bases automatizadas: sus Vice Quadros. No cree en la Tierra antigua ni en la nueva.
En secreto, el Emperador crea el Espíritu Mecánico, un supermecanismo que le ayuda a descubrir nuevos mundos. Solo los enemigos mortales del Emperador, los Espíritus, podían descubrir nuevos mundos, y esta era la fuente de su poder. Pero ahora ha llegado una nueva era.
Uno de los Vice Quadros comienza a probar este mecanismo, lo que conduce al surgimiento de una supermente —el Mesías Mecánico— y al descubrimiento de la Cadena de Mundos paralela de la Psicoesfera. También encontramos al Quadros "perdido" del Éxodo y descubrimos rastros de la misteriosa raza alienígena. Los tres bandos se encuentran en medio de una batalla mortal: el Azote contra los Esclavos del Emperador, el Látigo de los Espíritus contra la Llamada del Mesías, una verdad muerta contra una mentira recién nacida.
¿Quiénes son los Espíritus: salvadores o asesinos de la raza humana? ¿Quién es el Mesías: juez o títere? ¿Quién es el Emperador? ¿Quién ganará? El jugador descubrirá la respuesta durante la espectacular campaña individual de Perimeter: El Testamento del Emperador.
Siento un ansia de tensión desde las esferas más altas. La carne y la sangre de la Esponja se han puesto en movimiento; laten por todo el mundo donde el Emperador está creando una nueva historia de la gran Cadena.